Au XVIIe siècle, pour lutter contre les progrès de la Réforme protestante venue de la Suisse voisine, l’église catholique dresse un véritable barrage dans le Haut-Doubs ; la Contre-Réforme entraîne l’arrivée de religieux de différents ordres et la construction de nombreux édifices cultuels. Cinq établissements religieux sont ainsi construits à Pontarlier. En 1609, six jeunes pontissaliennes rejoignent la congrégation des Annonciades célestes créée en 1604 à Gênes en Italie.

Construit en 1612 par l’architecte Antoine Belin, le couvent comprenait d’imposants bâtiments ordonnés autour d’une cour intérieure. L’ensemble a été considérablement modifié depuis la disparition des religieuses à la Révolution. Il n’en subsiste que la chapelle inscrite au titre des Monuments Historiques. Elle est aménagée aujourd’hui en salle d’exposition et accueille chaque année depuis 1924 le plus ancien salon d’arts de Franche-Comté, le salon des Annonciades.

Le porche d’entrée de la chapelle est surmonté d’une tribune dont la vaste baie en plein cintre fut transformée au XIXe siècle. La nef comporte trois travées séparées par des pilastres et un choeur. Des voûtes d’ogives couvrent l’édifice.